Cơ cấu tổ chức của BM. Kỹ thuật Môi trường bao gồm Ban Lãnh đạo (1 trưởng BM, 1 Phó trưởng BM) phụ trách điều hành các mảng đào tạo, nghiên cứu và quản lý dự án, hợp tác quốc tế và quản lý dự án, tài chính,...

Ngoài ra, các đoàn thể gồm:

         i. Chi bộ Đảng BM KTMT

         ii. Tổ công đòan BM

         iii. Các phòng thí nghiệm chuyên ngành (04 phòng).